MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl23

Total Repeats: 409

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011252	A	6	6	5115	5120	100 %	0 %	0 %	0 %	203288365
2	NC_011252	AC	3	6	5177	5182	50 %	0 %	0 %	50 %	203288365
3	NC_011252	A	6	6	5195	5200	100 %	0 %	0 %	0 %	203288365
4	NC_011252	CTATA	2	10	5225	5234	40 %	40 %	0 %	20 %	203288365
5	NC_011252	ATA	2	6	5252	5257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288365
6	NC_011252	A	6	6	5260	5265	100 %	0 %	0 %	0 %	203288365
7	NC_011252	T	6	6	5302	5307	0 %	100 %	0 %	0 %	203288365
8	NC_011252	A	6	6	5322	5327	100 %	0 %	0 %	0 %	203288365
9	NC_011252	AT	3	6	5334	5339	50 %	50 %	0 %	0 %	203288365
10	NC_011252	AGC	2	6	5343	5348	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288365
11	NC_011252	CAA	2	6	5372	5377	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288365
12	NC_011252	A	6	6	5388	5393	100 %	0 %	0 %	0 %	203288365
13	NC_011252	ATAA	2	8	5404	5411	75 %	25 %	0 %	0 %	203288365
14	NC_011252	AAC	2	6	5421	5426	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288365
15	NC_011252	CCTC	2	8	5446	5453	0 %	25 %	0 %	75 %	203288365
16	NC_011252	GTAG	2	8	5478	5485	25 %	25 %	50 %	0 %	203288365
17	NC_011252	TAA	2	6	5538	5543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288365
18	NC_011252	TTA	2	6	5548	5553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288365
19	NC_011252	AAAT	2	8	5628	5635	75 %	25 %	0 %	0 %	203288365
20	NC_011252	ATA	2	6	5642	5647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288365
21	NC_011252	AAAT	2	8	5648	5655	75 %	25 %	0 %	0 %	203288365
22	NC_011252	TAAAAC	2	12	5660	5671	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	203288365
23	NC_011252	TTA	2	6	5710	5715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288365
24	NC_011252	A	6	6	5743	5748	100 %	0 %	0 %	0 %	203288365
25	NC_011252	AGC	2	6	5778	5783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288365
26	NC_011252	TCA	2	6	5855	5860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288365
27	NC_011252	AAT	2	6	5886	5891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288365
28	NC_011252	GTAA	2	8	5902	5909	50 %	25 %	25 %	0 %	203288365
29	NC_011252	ATA	2	6	5923	5928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288365
30	NC_011252	CCAA	2	8	5938	5945	50 %	0 %	0 %	50 %	203288365
31	NC_011252	AATA	2	8	5997	6004	75 %	25 %	0 %	0 %	203288365
32	NC_011252	ATA	2	6	6097	6102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288365
33	NC_011252	ATTC	2	8	6144	6151	25 %	50 %	0 %	25 %	203288365
34	NC_011252	ACA	2	6	6157	6162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288365
35	NC_011252	A	6	6	6171	6176	100 %	0 %	0 %	0 %	203288365
36	NC_011252	GCA	2	6	6241	6246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288365
37	NC_011252	GA	3	6	6302	6307	50 %	0 %	50 %	0 %	203288365
38	NC_011252	TA	3	6	6309	6314	50 %	50 %	0 %	0 %	203288365
39	NC_011252	AAC	2	6	6321	6326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288365
40	NC_011252	TAT	2	6	6327	6332	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288365
41	NC_011252	AT	3	6	6331	6336	50 %	50 %	0 %	0 %	203288365
42	NC_011252	TAT	2	6	6392	6397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288365
43	NC_011252	ATT	2	6	6423	6428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288365
44	NC_011252	TTA	2	6	6569	6574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288366
45	NC_011252	ATT	2	6	6604	6609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288366
46	NC_011252	A	6	6	6612	6617	100 %	0 %	0 %	0 %	203288366
47	NC_011252	TAA	2	6	6651	6656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288366
48	NC_011252	A	6	6	6655	6660	100 %	0 %	0 %	0 %	203288366
49	NC_011252	T	7	7	6661	6667	0 %	100 %	0 %	0 %	203288366
50	NC_011252	A	7	7	6718	6724	100 %	0 %	0 %	0 %	203288366
51	NC_011252	TAAA	2	8	6762	6769	75 %	25 %	0 %	0 %	203288366
52	NC_011252	CTA	2	6	6777	6782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288366
53	NC_011252	AAT	2	6	6849	6854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288366
54	NC_011252	TAT	2	6	6870	6875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288366
55	NC_011252	AT	3	6	6893	6898	50 %	50 %	0 %	0 %	203288366
56	NC_011252	A	7	7	6971	6977	100 %	0 %	0 %	0 %	203288366
57	NC_011252	TAA	2	6	6985	6990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288366
58	NC_011252	TAA	2	6	7002	7007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288366
59	NC_011252	TAT	2	6	7054	7059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288367
60	NC_011252	ATT	2	6	7065	7070	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288367
61	NC_011252	CTA	2	6	7096	7101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288367
62	NC_011252	CAT	2	6	7130	7135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288367
63	NC_011252	AAATCT	2	12	7260	7271	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	203288367
64	NC_011252	AAT	2	6	7337	7342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288367
65	NC_011252	ATT	2	6	7401	7406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288367
66	NC_011252	CT	3	6	7471	7476	0 %	50 %	0 %	50 %	203288367
67	NC_011252	T	6	6	7488	7493	0 %	100 %	0 %	0 %	203288367
68	NC_011252	A	10	10	7529	7538	100 %	0 %	0 %	0 %	203288367
69	NC_011252	A	9	9	7549	7557	100 %	0 %	0 %	0 %	203288367
70	NC_011252	ATT	2	6	8317	8322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288368
71	NC_011252	A	6	6	8329	8334	100 %	0 %	0 %	0 %	203288368
72	NC_011252	CAA	2	6	8365	8370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288368
73	NC_011252	A	6	6	8403	8408	100 %	0 %	0 %	0 %	203288368
74	NC_011252	TAA	2	6	8416	8421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288368
75	NC_011252	ACTAT	2	10	8547	8556	40 %	40 %	0 %	20 %	203288368
76	NC_011252	AAT	2	6	8564	8569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288368
77	NC_011252	CTT	2	6	8579	8584	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288368
78	NC_011252	AT	3	6	8607	8612	50 %	50 %	0 %	0 %	203288368
79	NC_011252	TAT	2	6	8623	8628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288368
80	NC_011252	TTA	2	6	8685	8690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288368
81	NC_011252	T	6	6	8717	8722	0 %	100 %	0 %	0 %	203288368
82	NC_011252	CT	3	6	8765	8770	0 %	50 %	0 %	50 %	203288368
83	NC_011252	A	6	6	8778	8783	100 %	0 %	0 %	0 %	203288368
84	NC_011252	ATC	2	6	8789	8794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288368
85	NC_011252	AAC	2	6	8827	8832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288368
86	NC_011252	A	8	8	8835	8842	100 %	0 %	0 %	0 %	203288368
87	NC_011252	A	7	7	8871	8877	100 %	0 %	0 %	0 %	203288368
88	NC_011252	CA	3	6	8990	8995	50 %	0 %	0 %	50 %	203288369
89	NC_011252	AT	3	6	9003	9008	50 %	50 %	0 %	0 %	203288369
90	NC_011252	TA	3	6	9010	9015	50 %	50 %	0 %	0 %	203288369
91	NC_011252	AT	3	6	9022	9027	50 %	50 %	0 %	0 %	203288369
92	NC_011252	TAT	3	9	9025	9033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288369
93	NC_011252	CAT	2	6	9042	9047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288369
94	NC_011252	A	6	6	9095	9100	100 %	0 %	0 %	0 %	203288369
95	NC_011252	T	6	6	9106	9111	0 %	100 %	0 %	0 %	203288369
96	NC_011252	TTAT	2	8	9125	9132	25 %	75 %	0 %	0 %	203288369
97	NC_011252	T	8	8	9132	9139	0 %	100 %	0 %	0 %	203288369
98	NC_011252	CTA	2	6	9147	9152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288369
99	NC_011252	ATT	2	6	9162	9167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288369
100	NC_011252	ATT	2	6	9181	9186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288369
101	NC_011252	AGA	2	6	9187	9192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288369
102	NC_011252	T	6	6	9214	9219	0 %	100 %	0 %	0 %	203288369
103	NC_011252	A	7	7	9250	9256	100 %	0 %	0 %	0 %	203288369
104	NC_011252	AATA	2	8	9313	9320	75 %	25 %	0 %	0 %	203288369
105	NC_011252	A	6	6	9354	9359	100 %	0 %	0 %	0 %	203288369
106	NC_011252	A	8	8	9383	9390	100 %	0 %	0 %	0 %	203288369
107	NC_011252	ATG	2	6	9393	9398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288369
108	NC_011252	CAA	2	6	9411	9416	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288369
109	NC_011252	AAT	2	6	9497	9502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288369
110	NC_011252	TAT	2	6	9582	9587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288369
111	NC_011252	TA	3	6	9624	9629	50 %	50 %	0 %	0 %	203288369
112	NC_011252	AAT	2	6	9668	9673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288369
113	NC_011252	TAT	2	6	9698	9703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288369
114	NC_011252	CA	3	6	9711	9716	50 %	0 %	0 %	50 %	203288369
115	NC_011252	ATT	2	6	9735	9740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288369
116	NC_011252	TTA	2	6	9766	9771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288369
117	NC_011252	TA	3	6	9770	9775	50 %	50 %	0 %	0 %	203288369
118	NC_011252	ATTAAA	2	12	9812	9823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288369
119	NC_011252	AT	3	6	9838	9843	50 %	50 %	0 %	0 %	203288369
120	NC_011252	A	7	7	9849	9855	100 %	0 %	0 %	0 %	203288369
121	NC_011252	ATAA	2	8	9872	9879	75 %	25 %	0 %	0 %	203288369
122	NC_011252	ATA	2	6	10001	10006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288369
123	NC_011252	TCA	2	6	10069	10074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288369
124	NC_011252	AAT	2	6	10078	10083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288369
125	NC_011252	TCA	2	6	10104	10109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288369
126	NC_011252	A	7	7	10156	10162	100 %	0 %	0 %	0 %	203288369
127	NC_011252	AT	4	8	10212	10219	50 %	50 %	0 %	0 %	203288369
128	NC_011252	AAT	2	6	10220	10225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288369
129	NC_011252	TAAT	3	12	10231	10242	50 %	50 %	0 %	0 %	203288369
130	NC_011252	ACA	2	6	11081	11086	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288370
131	NC_011252	AACAA	2	10	11174	11183	80 %	0 %	0 %	20 %	203288370
132	NC_011252	A	6	6	11220	11225	100 %	0 %	0 %	0 %	203288370
133	NC_011252	ATGC	2	8	11231	11238	25 %	25 %	25 %	25 %	203288370
134	NC_011252	TAA	2	6	11250	11255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288370
135	NC_011252	CAG	2	6	11343	11348	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288370
136	NC_011252	AAC	2	6	11461	11466	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288370
137	NC_011252	GAAGCA	2	12	11468	11479	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	203288370
138	NC_011252	T	6	6	11517	11522	0 %	100 %	0 %	0 %	203288370
139	NC_011252	GGA	2	6	11543	11548	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288370
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142	NC_011252	T	6	6	11621	11626	0 %	100 %	0 %	0 %	203288370
143	NC_011252	GGA	2	6	11627	11632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288370
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401	NC_011252	TAG	2	6	22342	22347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288381
402	NC_011252	T	6	6	22367	22372	0 %	100 %	0 %	0 %	203288381
403	NC_011252	ATA	2	6	22398	22403	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288381
404	NC_011252	T	7	7	22415	22421	0 %	100 %	0 %	0 %	203288381
405	NC_011252	AAAT	2	8	22425	22432	75 %	25 %	0 %	0 %	203288381
406	NC_011252	GAT	3	9	22488	22496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288381
407	NC_011252	GTAA	2	8	22499	22506	50 %	25 %	25 %	0 %	203288381
408	NC_011252	T	9	9	22539	22547	0 %	100 %	0 %	0 %	203288381
409	NC_011252	AGA	2	6	22571	22576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288381

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.